### R code from vignette source 'FindingGenes.Rnw'

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### code chunk number 1: FindingGenes.Rnw:47-52
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options(continue=" ")
options(width=80)
options(SweaveHooks=list(fig=function()
	par(mar=c(4.1, 4.1, 0.3, 0.1))))
set.seed(123)


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### code chunk number 2: startup
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library(DECIPHER)


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### code chunk number 3: expr1
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# specify the path to your genome:
genome_path <- "<<path to genome FASTA file>>"
# OR use the example genome:
genome_path <- system.file("extdata",
	"Chlamydia_trachomatis_NC_000117.fas.gz",
	package="DECIPHER")

# read the sequences into memory
genome <- readDNAStringSet(genome_path)
genome


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### code chunk number 4: expr2
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
orfs <- FindGenes(genome, showPlot=TRUE, allScores=TRUE)


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### code chunk number 5: expr3
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orfs


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### code chunk number 6: expr4
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genes <- orfs[orfs[, "Gene"]==1,]


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### code chunk number 7: expr5
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colnames(genes)


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### code chunk number 8: expr6
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dna <- ExtractGenes(genes, genome)
dna


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### code chunk number 9: expr7
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table(subseq(dna[-1], 1, 3))


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### code chunk number 10: expr8
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w <- which(!subseq(dna, 1, 3) %in% c("ATG", "GTG", "TTG"))
w
w <- w[-1] # drop the first sequence because it is a fragment
w
dna[w]
genes[w,]


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### code chunk number 11: expr9
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aa <- ExtractGenes(genes, genome, type="AAStringSet")
aa


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### code chunk number 12: expr10
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subseq(aa, 2, -2)


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### code chunk number 13: expr11
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
pairs(genes[, 5:16], pch=46, col="#00000033", panel=panel.smooth)


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### code chunk number 14: expr12
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(orfs, interact=FALSE)


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### code chunk number 15: sessinfo
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toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)