### R code from vignette source 'annotationTools.Rnw'

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### code chunk number 1: annotationTools.Rnw:30-31 (eval = FALSE)
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## annotation_HGU133Plus2<-read.csv('HG-U133_Plus_2_annot.csv',colClasses='character',comment.char='#')


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### code chunk number 2: annotationTools.Rnw:36-38
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annotationFile<-system.file('extdata','HG-U133_Plus_2_annot_part.csv',package='annotationTools')
annotation_HGU133Plus2<-read.csv(annotationFile,colClasses='character',comment.char='#')


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### code chunk number 3: annotationTools.Rnw:43-44
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myPS<-c('117_at','1007_s_at')


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### code chunk number 4: annotationTools.Rnw:49-50
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library(annotationTools)


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### code chunk number 5: annotationTools.Rnw:53-54
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getGENESYMBOL(myPS,annotation_HGU133Plus2)


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### code chunk number 6: annotationTools.Rnw:61-62
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getGENEONTOLOGY(myPS,annotation_HGU133Plus2)


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### code chunk number 7: annotationTools.Rnw:67-68
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getGENEONTOLOGY(myPS,annotation_HGU133Plus2,specifics=2)


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### code chunk number 8: annotationTools.Rnw:75-76
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ls(grep('annotationTools',search()))


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### code chunk number 9: annotationTools.Rnw:81-82
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colnames(annotation_HGU133Plus2)


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### code chunk number 10: annotationTools.Rnw:93-95
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homologeneFile<-system.file('extdata','homologene_part.data',package='annotationTools')
homologene<-read.delim(homologeneFile,header=FALSE)


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### code chunk number 11: annotationTools.Rnw:100-102
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myGenes<-c(5982,93587)
getHOMOLOG(myGenes,10090,homologene)


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### code chunk number 12: annotationTools.Rnw:109-117
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ps_human<-'1053_at'
geneID_human<-getGENEID(ps_human,annotation_HGU133Plus2)
geneID_mouse<-getHOMOLOG(geneID_human,10090,homologene)
annotationFile<-system.file('extdata','Mouse430_2_annot_part.csv',package='annotationTools')
annotation_Mouse4302<-read.csv(annotationFile,colClasses='character')
geneID_mouse<-unlist(geneID_mouse)
ps_mouse<-getPROBESET(geneID_mouse,annotation_Mouse4302)
ps_mouse


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### code chunk number 13: annotationTools.Rnw:128-130
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gene_groupFile<-system.file('extdata','gene_group_part.data',package='annotationTools')
gene_group<-read.delim(gene_groupFile,header=TRUE)


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### code chunk number 14: annotationTools.Rnw:135-136
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getHOMOLOG(myGenes,10090,gene_group,tableType="gene_group")


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### code chunk number 15: annotationTools.Rnw:143-145
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affyOrthologFile<-system.file('extdata','HG-U133_Plus_2_ortholog_part.csv',package='annotationTools')
orthologs_HGU133Plus2<-read.csv(affyOrthologFile,colClasses='character')


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### code chunk number 16: annotationTools.Rnw:150-151
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getHOMOLOG('1053_at','Mouse430_2',orthologs_HGU133Plus2,cluster=TRUE,clusterCol=1,speciesCol=4,idCol=3)


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### code chunk number 17: annotationTools.Rnw:161-162 (eval = FALSE)
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## orthoTable<-ps2ps(annotation_HGU133Plus2,annotation_Mouse4302,homologene,10090)


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### code chunk number 18: annotationTools.Rnw:167-182 (eval = FALSE)
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## annotation_HGU133Plus2<-read.csv('HG-U133_Plus_2_annot.csv',colClasses='character',comment.char='#')
## annotation_Mouse4302<-read.csv('Mouse430_2_annot.csv',colClasses='character',comment.char='#')
## homologene<-read.delim('homologene.data',header=F)
## target_species<-10090
## 
## ps_HGU133Plus2<-annotation_HGU133Plus2[,1]
## gid_HGU133Plus2<-getGENEID(ps_HGU133Plus2,annotation_HGU133Plus2)
## length_gid_HGU133Plus2<-sapply(gid_HGU133Plus2,function(x) {length(x)})
## gid_Mouse4302<-getHOMOLOG(unlist(gid_HGU133Plus2),target_species,homologene)
## length_gid_Mouse4302<-sapply(gid_Mouse4302,function(x) {length(x)})
## ps_Mouse4302<-getPROBESET(unlist(gid_Mouse4302),annotation_Mouse4302)
## 
## ps_Mouse4302_1<-compactList(ps_Mouse4302,length_gid_Mouse4302)
## ps_Mouse4302_2<-compactList(ps_Mouse4302_1,length_gid_HGU133Plus2)
## gid_Mouse4302_1<-compactList(gid_Mouse4302,length_gid_HGU133Plus2)


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### code chunk number 19: annotationTools.Rnw:187-191 (eval = FALSE)
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## ps_Mouse4302_2<-lapply(ps_Mouse4302_2,function(x) {unique(x)})
## ps_Mouse4302_2<-lapply(ps_Mouse4302_2,function(x) {if (length(x)>1) na.omit(x) else x})
## gid_Mouse4302_1<-lapply(gid_Mouse4302_1,function(x) {unique(x)})
## gid_Mouse4302_1<-lapply(gid_Mouse4302_1,function(x) {if (length(x)>1) na.omit(x) else x})


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### code chunk number 20: annotationTools.Rnw:196-199 (eval = FALSE)
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## orthoTable<-cbind(ps_HGU133Plus2,listToCharacterVector(gid_HGU133Plus2,sep=','),listToCharacterVector(gid_Mouse4302_1,sep=','),listToCharacterVector(ps_Mouse4302_2,sep=','))
## colnames(orthoTable)<-c('ps_HGU133Plus2','gid_HGU133Plus2','gid_Mouse4302','ps_Mouse4302')
## write.table(orthoTable,file='HGU133Plus2_Mouse4302.txt',sep='\t',col.names=T,row.names=F)


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### code chunk number 21: annotationTools.Rnw:204-206 (eval = FALSE)
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## orthoTable<-ps2ps(annotation_HGU133Plus2,annotation_Mouse4302,homologene,10090)
## write.table(orthoTable,file='HGU133Plus2_Mouse4302.txt',sep='\t',col.names=T,row.names=F)


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### code chunk number 22: annotationTools.Rnw:219-220
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data(orthologs_example)


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### code chunk number 23: annotationTools.Rnw:225-228
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selection<-1:8
ps_mouse<-table_mouse$Probe.Set.ID[selection]
table_mouse[selection,]


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### code chunk number 24: annotationTools.Rnw:233-235
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orthops<-getOrthologousProbesets(ps_mouse,table_human,ortho)
orthops[[1]]


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### code chunk number 25: annotationTools.Rnw:240-241
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table_human_absM<-data.frame(I(table_human[,1]),I(abs(table_human[,2])))


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### code chunk number 26: annotationTools.Rnw:246-248
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orthops_maxAbsM<-getOrthologousProbesets(ps_mouse,table_human_absM,ortho,max,forceProbesetSelection=TRUE)
orthops_maxAbsM[[1]]


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### code chunk number 27: annotationTools.Rnw:253-255
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orthops_maxAbsM_ind<-match(unlist(orthops_maxAbsM[[1]]),table_human[,1])
table_human[orthops_maxAbsM_ind,2]


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### code chunk number 28: annotationTools.Rnw:262-270
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table_human_absT<-data.frame(I(table_human[,1]),I(abs(table_human[,3])))
orthops_maxAbsT<-getOrthologousProbesets(ps_mouse,table_human_absT,ortho,max,forceProbesetSelection=TRUE)
orthops_maxAbsT_ind<-match(unlist(orthops_maxAbsT[[1]]),table_human[,1])
plot(table_mouse[selection,2],table_human[orthops_maxAbsM_ind,2],pch=19,col='gray',cex=1.5,xlab='log fold change in mouse',ylab='log fold change in human')
abline(h=0)
abline(v=0)
abline(0,1)
points(table_mouse[selection,2],table_human[orthops_maxAbsT_ind,2],pch=3,col=1)


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### code chunk number 29: annotationTools.Rnw:279-281
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ps_human<-ortho[match(ps_mouse,ortho[,1]),4]
ps_human


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### code chunk number 30: annotationTools.Rnw:286-290
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ps_human<-lapply(ps_human,function(x){strsplit(x,',')[[1]]})
length_ps_human<-sapply(ps_human,length)
gs_human<-lapply(ps_human,function(x){listToCharacterVector(getGENESYMBOL(x,annot_HGU133A))})
gs_human


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### code chunk number 31: annotationTools.Rnw:295-296
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existing_ps_human<-!is.na(ps_human)


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### code chunk number 32: annotationTools.Rnw:301-302
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LFC_mouse<-table_mouse$M[rep(match(ps_mouse[existing_ps_human],table_mouse$Probe.Set.ID),length_ps_human[existing_ps_human])]


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### code chunk number 33: annotationTools.Rnw:307-308
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LFC_human<-table_human$log2FC.HD.caudate.grade.0.2.vs.controls[match(unlist(ps_human[existing_ps_human]),table_human$Probe.Set.ID)]


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### code chunk number 34: annotationTools.Rnw:313-318 (eval = FALSE)
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## plot(LFC_mouse,LFC_human,col=rep(1:length(ps_human[existing_ps_human]),length_ps_human[existing_ps_human]),pch=16,cex=1.5,xlab='log fold change in mouse',ylab='log fold change in human')
## abline(h=0)
## abline(v=0)
## abline(0,1)
## legend(x=0.25,y=-0.77,legend=lapply(gs_human[existing_ps_human],function(x){paste(unique(x),sep=',')}),text.col=1:length(ps_human[existing_ps_human]))


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### code chunk number 35: annotationTools.Rnw:323-328
###################################################
plot(LFC_mouse,LFC_human,col=rep(1:length(ps_human[existing_ps_human]),length_ps_human[existing_ps_human]),pch=16,cex=1.5,xlab='log fold change in mouse',ylab='log fold change in human')
abline(h=0)
abline(v=0)
abline(0,1)
legend(x=0.25,y=-0.77,legend=lapply(gs_human[existing_ps_human],function(x){paste(unique(x),collapse=',')}),text.col=1:length(ps_human[existing_ps_human]))


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### code chunk number 36: annotationTools.Rnw:342-343
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sessionInfo()