### R code from vignette source 'logicFS.Rnw'

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### code chunk number 1: logicFS.Rnw:56-57
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library(logicFS)


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### code chunk number 2: logicFS.Rnw:62-63
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data(data.logicfs)


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### code chunk number 3: logicFS.Rnw:94-95
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bin.snps<-make.snp.dummy(data.logicfs)


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### code chunk number 4: logicFS.Rnw:107-108
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my.anneal<-logreg.anneal.control(start=2, end=-2, iter=10000)


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### code chunk number 5: logicFS.Rnw:114-115
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log.out<-logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)


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### code chunk number 6: logicFS.Rnw:124-125
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log.out


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### code chunk number 7: logicFS.Rnw:136-137 (eval = FALSE)
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## plot(log.out)


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### code chunk number 8: logicFS.Rnw:167-169
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bag.out<-logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)
bag.out


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### code chunk number 9: logicFS.Rnw:176-177
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bag.out$vim


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### code chunk number 10: logicFS.Rnw:185-186
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cl.preds<-predict(bag.out,bin.snps)


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### code chunk number 11: logicFS.Rnw:192-193
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mean(cl.preds!=cl.logicfs)