############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data RBGL ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘RBGL/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘RBGL’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * cleaning src * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘RBGL.Rmd’ using rmarkdown Quitting from RBGL.Rmd:376-378 [figospfs] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `buildEdgeList()`: ! attempt to set index 29/29 in SET_STRING_ELT --- Backtrace: ▆ 1. ├─base::plot(ospf) 2. └─Rgraphviz::plot(ospf) 3. └─Rgraphviz (local) .local(x, y, ...) 4. └─Rgraphviz::agopen(...) 5. └─Rgraphviz::buildEdgeList(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'RBGL.Rmd' failed with diagnostics: attempt to set index 29/29 in SET_STRING_ELT --- failed re-building ‘RBGL.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘RBGL.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted