##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   /home/biocbuild/R/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data sparrow
###
##############################################################################
##############################################################################


* checking for file ‘sparrow/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘sparrow’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘sparrow.Rmd’ using rmarkdown

Quitting from sparrow.Rmd:215-217 [build-gdb]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `GeneSetDb.data.frame()`:
! is.data.frame(x) && nrow(x) > 0 is not TRUE
---
Backtrace:
    ▆
 1. └─sparrow::getMSigGeneSetDb(c("h", "c2"), "human", id.type = "entrez")
 2.   ├─sparrow::GeneSetDb(ret)
 3.   └─sparrow:::GeneSetDb.data.frame(ret)
 4.     └─base::stopifnot(is.data.frame(x) && nrow(x) > 0)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Error: processing vignette 'sparrow.Rmd' failed with diagnostics:
is.data.frame(x) && nrow(x) > 0 is not TRUE
--- failed re-building ‘sparrow.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘sparrow.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted