############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data TENxIO ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘TENxIO/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘TENxIO’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘TENxIO.Rmd’ using rmarkdown Quitting from TENxIO.Rmd:254-262 [unnamed-chunk-14] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `.find_start_end_cols()`: ! cannnot determine start/end columns --- Backtrace: ▆ 1. ├─BiocIO::import(tenxp) 2. └─TENxIO::import(tenxp) 3. └─GenomicRanges::makeGRangesFromDataFrame(panno, keep.extra.columns = TRUE) 4. └─GenomicRanges:::.find_GRanges_cols(...) 5. └─GenomicRanges:::.find_start_end_cols(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'TENxIO.Rmd' failed with diagnostics: cannnot determine start/end columns --- failed re-building ‘TENxIO.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘TENxIO.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted