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### chunk number 1: options
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options(width=72)


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### chunk number 2: preliminaries
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library(GenomicRanges)


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### chunk number 3: readBAMasGappedAlignments eval=FALSE
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## library(Rsamtools)
## aln1_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools")
## aln1 <- readBAMasGappedAlignments(aln1_file)
## aln1
## length(aln1)


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### chunk number 4: accessors eval=FALSE
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## head(rname(aln1))
## levels(rname(aln1))
## head(strand(aln1))
## head(cigar(aln1))
## head(qwidth(aln1))
## head(start(aln1))
## head(end(aln1))
## head(width(aln1))
## head(ngap(aln1))