################################################### ### chunk number 1: options ################################################### options(width=72) ################################################### ### chunk number 2: preliminaries ################################################### library(GenomicRanges) ################################################### ### chunk number 3: readBAMasGappedAlignments eval=FALSE ################################################### ## library(Rsamtools) ## aln1_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools") ## aln1 <- readBAMasGappedAlignments(aln1_file) ## aln1 ## length(aln1) ################################################### ### chunk number 4: accessors eval=FALSE ################################################### ## head(rname(aln1)) ## levels(rname(aln1)) ## head(strand(aln1)) ## head(cigar(aln1)) ## head(qwidth(aln1)) ## head(start(aln1)) ## head(end(aln1)) ## head(width(aln1)) ## head(ngap(aln1))