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### chunk number 1: loadlib
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library(qpcrNorm)
data(qpcrBatch.object)


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### chunk number 2: demoS4
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slotNames(qpcrBatch.object)


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### chunk number 3: normR
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mynormRI.data <- normQpcrRankInvariant(qpcrBatch.object, 1)


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### chunk number 4: normRgenes
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mynormRI.data@normGenes


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### chunk number 5: normQ
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mynormQuant.data <- normQpcrQuantile(qpcrBatch.object) 


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### chunk number 6: normH
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mynormHK.data <- normQpcrHouseKeepingGenes(qpcrBatch.object, c("Gpx4"))


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### chunk number 7: normZ
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mynormQuant.data <- normalize(qpcrBatch.object, "quantile") 
mynormHK.data <- normalize(qpcrBatch.object, "housekeepinggenes", c("Gpx4"))


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### chunk number 8: qbox
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boxplot(data.frame(mynormQuant.data@exprs), names=paste("Time", 1:13, sep=""), col="darkgreen", ylab="Ct Value")


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### chunk number 9: normHist
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par(mfrow=c(2,2))
xr <- range(c(qpcrBatch.object@exprs, mynormHK.data@exprs, mynormQuant.data@exprs, mynormRI.data@exprs))
hist(qpcrBatch.object@exprs, breaks=30, prob=T, col="steelblue", main="Raw Data", xlab="Ct value", xlim=xr)
hist(mynormHK.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="orange", main="HK-Gene-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) 
hist(mynormQuant.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="gold", main="Quantile-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) 
hist(mynormRI.data@exprs, breaks=30, prob=T, col="orchid4", main="Rank-Invariant-Normalized Data", xlab="Ct value", xlim=xr) 


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### chunk number 10: cvCalc
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cvVals <- c(calcCV(qpcrBatch.object), calcCV(mynormHK.data), calcCV(mynormQuant.data), calcCV(mynormRI.data))


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### chunk number 11: plotCV
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barplot(cvVals*100, col=c("steelblue", "orange", "gold", "orchid4"), ylab="Average CV(%)", beside=TRUE, 
	names=c("Raw", "HK", "Quantile", "Rank-Invariant"))
	text(c(.75, 1.9, 3.1, 4.3), rep(2,4), round(cvVals*100, 2))


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### chunk number 12: 
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plotVarMean(mynormQuant.data, mynormHK.data, normTag1="Quantile", normTag2="HK-Gene")