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### chunk number 1: loadlibs
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library(simulatorAPMS)



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### chunk number 2: apEx
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data(apEX)
apEX


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### chunk number 3: simEX
###################################################
data(simEX)
simEX


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### chunk number 4: simulate
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data(TSNMatrix)
data(vBaitsEX)
data(missedProtEX)
vDeformed <- vBaitsEX[2]
vSticky <- vBaitsEX[5]
rateFP <- 0.10
rateFN <- 0.25
rateD <- 0.50
rateS <- 0.66
seeed <- 237

runSimulators(TSNMatrix, vBaitsEX, vDeformed, vSticky, rateFP, rateFN, rateD, rateS, missedProtEX, seeed)



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### chunk number 5: runapComplex
###################################################

data(runSimEX)
data(vBaitsEX)
runAPComplex(runSimEX, vBaitsEX)