Rafael A. Irizarry
| Snapshot Date: 2019-04-12 17:01:30 -0400 (Fri, 12 Apr 2019) |
| URL: https://git.bioconductor.org/packages/bumphunter |
| Branch: RELEASE_3_8 |
| Last Commit: 29b8740 |
| Last Changed Date: 2018-11-30 13:46:10 -0400 (Fri, 30 Nov 2018) |
| Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.8 |
|
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| Package 186/1649 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
| bumphunter 1.24.5 Rafael A. Irizarry
| malbec1 | Linux (Ubuntu 16.04.6 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | | ||||||
| tokay1 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | [ WARNINGS ] | OK | | ||||||
| merida1 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | OK | |
| Package: bumphunter |
| Version: 1.24.5 |
| Command: C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\bin\R.exe CMD check --force-multiarch --install=check:bumphunter.install-out.txt --library=C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\library --no-vignettes --timings bumphunter_1.24.5.tar.gz |
| StartedAt: 2019-04-13 00:55:29 -0400 (Sat, 13 Apr 2019) |
| EndedAt: 2019-04-13 01:08:18 -0400 (Sat, 13 Apr 2019) |
| EllapsedTime: 769.4 seconds |
| RetCode: 0 |
| Status: WARNINGS |
| CheckDir: bumphunter.Rcheck |
| Warnings: 1 |
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\bin\R.exe CMD check --force-multiarch --install=check:bumphunter.install-out.txt --library=C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\library --no-vignettes --timings bumphunter_1.24.5.tar.gz
###
##############################################################################
##############################################################################
* using log directory 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/meat/bumphunter.Rcheck'
* using R version 3.5.3 (2019-03-11)
* using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit)
* using session charset: ISO8859-1
* using option '--no-vignettes'
* checking for file 'bumphunter/DESCRIPTION' ... OK
* this is package 'bumphunter' version '1.24.5'
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ...Warning: unable to access index for repository https://CRAN.R-project.org/src/contrib:
cannot open URL 'https://CRAN.R-project.org/src/contrib/PACKAGES'
NOTE
Depends: includes the non-default packages:
'S4Vectors' 'IRanges' 'GenomeInfoDb' 'GenomicRanges' 'foreach'
'iterators' 'parallel' 'locfit'
Adding so many packages to the search path is excessive and importing
selectively is preferable.
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for hidden files and directories ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking whether package 'bumphunter' can be installed ... WARNING
Found the following significant warnings:
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:31: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:34: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:59: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateTranscripts.Rd:39: file link 'mapIds' in package 'AnnotationDbi' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/matchGenes.Rd:41: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/matchGenes.Rd:55: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
See 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/meat/bumphunter.Rcheck/00install.out' for details.
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking 'build' directory ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... NOTE
Malformed Description field: should contain one or more complete sentences.
* checking top-level files ... OK
* checking for left-over files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking R files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* loading checks for arch 'i386'
** checking whether the package can be loaded ... OK
** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* loading checks for arch 'x64'
** checking whether the package can be loaded ... OK
** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* checking dependencies in R code ... NOTE
Unexported object imported by a ':::' call: 'doParallel:::.options'
See the note in ?`:::` about the use of this operator.
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... NOTE
bumphunterEngine: no visible binding for global variable 'bootstraps'
Undefined global functions or variables:
bootstraps
* checking Rd files ... OK
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking contents of 'data' directory ... OK
* checking data for non-ASCII characters ... OK
* checking data for ASCII and uncompressed saves ... OK
* checking files in 'vignettes' ... OK
* checking examples ...
** running examples for arch 'i386' ... OK
Examples with CPU or elapsed time > 5s
user system elapsed
bumphunter 0.21 0.04 11.11
smoother 0.08 0.00 9.44
** running examples for arch 'x64' ... OK
Examples with CPU or elapsed time > 5s
user system elapsed
bumphunter 0.19 0 10.25
smoother 0.03 0 11.00
* checking for unstated dependencies in 'tests' ... OK
* checking tests ...
** running tests for arch 'i386' ...
Running 'runTests.R'
Running 'test-all.R'
OK
** running tests for arch 'x64' ...
Running 'runTests.R'
Running 'test-all.R'
OK
* checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
* checking package vignettes in 'inst/doc' ... OK
* checking running R code from vignettes ... SKIPPED
* checking re-building of vignette outputs ... SKIPPED
* checking PDF version of manual ... OK
* DONE
Status: 1 WARNING, 4 NOTEs
See
'C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/meat/bumphunter.Rcheck/00check.log'
for details.
bumphunter.Rcheck/00install.out
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### C:\cygwin\bin\curl.exe -O https://malbec1.bioconductor.org/BBS/3.8/bioc/src/contrib/bumphunter_1.24.5.tar.gz && rm -rf bumphunter.buildbin-libdir && mkdir bumphunter.buildbin-libdir && C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL --merge-multiarch --build --library=bumphunter.buildbin-libdir bumphunter_1.24.5.tar.gz && C:\Users\biocbuild\bbs-3.8-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL bumphunter_1.24.5.zip && rm bumphunter_1.24.5.tar.gz bumphunter_1.24.5.zip
###
##############################################################################
##############################################################################
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
100 2273k 100 2273k 0 0 13.4M 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 13.7M
install for i386
* installing *source* package 'bumphunter' ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
converting help for package 'bumphunter'
finding HTML links ... done
TT html
annotateNearest html
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:31: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:34: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:59: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
annotateTranscripts html
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/annotateTranscripts.Rd:39: file link 'mapIds' in package 'AnnotationDbi' does not exist and so has been treated as a topic
bumphunter html
clusterMaker html
dummyData html
getSegments html
locfitByCluster html
loessByCluster html
matchGenes html
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/matchGenes.Rd:41: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/tmpdir/RtmpcHw9Nz/R.INSTALL21406cb23f77/bumphunter/man/matchGenes.Rd:55: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic
regionFinder html
runmedByCluster html
smoother html
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
In R CMD INSTALL
install for x64
* installing *source* package 'bumphunter' ...
** testing if installed package can be loaded
* MD5 sums
packaged installation of 'bumphunter' as bumphunter_1.24.5.zip
* DONE (bumphunter)
In R CMD INSTALL
In R CMD INSTALL
* installing to library 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.8-bioc/R/library'
package 'bumphunter' successfully unpacked and MD5 sums checked
In R CMD INSTALL
|
bumphunter.Rcheck/tests_i386/runTests.Rout
R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> require("bumphunter") || stop("unable to load bumphunter")
Loading required package: bumphunter
Loading required package: S4Vectors
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind,
rowMeans, rowSums, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Loading required package: IRanges
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: foreach
Loading required package: iterators
Loading required package: locfit
locfit 1.5-9.1 2013-03-22
[1] TRUE
> BiocGenerics:::testPackage("bumphunter")
[bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.4.4).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
Loading required package: rngtools
Loading required package: pkgmaker
Loading required package: registry
Attaching package: 'pkgmaker'
The following object is masked from 'package:S4Vectors':
new2
The following object is masked from 'package:base':
isFALSE
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
[bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.4.4).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
Loading required package: doParallel
[bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.14).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
[bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.14).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
RUNIT TEST PROTOCOL -- Sat Apr 13 01:01:58 2019
***********************************************
Number of test functions: 5
Number of errors: 0
Number of failures: 0
1 Test Suite :
bumphunter RUnit Tests - 5 test functions, 0 errors, 0 failures
Number of test functions: 5
Number of errors: 0
Number of failures: 0
>
> proc.time()
user system elapsed
12.57 0.90 37.48
|
bumphunter.Rcheck/tests_x64/runTests.Rout
R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> require("bumphunter") || stop("unable to load bumphunter")
Loading required package: bumphunter
Loading required package: S4Vectors
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind,
rowMeans, rowSums, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Loading required package: IRanges
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: foreach
Loading required package: iterators
Loading required package: locfit
locfit 1.5-9.1 2013-03-22
[1] TRUE
> BiocGenerics:::testPackage("bumphunter")
[bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.4.4).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
Loading required package: rngtools
Loading required package: pkgmaker
Loading required package: registry
Attaching package: 'pkgmaker'
The following object is masked from 'package:S4Vectors':
new2
The following object is masked from 'package:base':
isFALSE
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
[bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.4.4).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
Loading required package: doParallel
[bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.14).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
[bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.14).
[bumphunterEngine] Computing coefficients.
[bumphunterEngine] Smoothing coefficients.
[bumphunterEngine] Performing 500 permutations.
[bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values.
[bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients.
[bumphunterEngine] cutoff: 0.28
[bumphunterEngine] Finding regions.
[bumphunterEngine] Found 2 bumps.
[bumphunterEngine] Computing regions for each permutation.
[bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER.
RUNIT TEST PROTOCOL -- Sat Apr 13 01:05:32 2019
***********************************************
Number of test functions: 5
Number of errors: 0
Number of failures: 0
1 Test Suite :
bumphunter RUnit Tests - 5 test functions, 0 errors, 0 failures
Number of test functions: 5
Number of errors: 0
Number of failures: 0
>
> proc.time()
user system elapsed
15.76 0.53 43.31
|
|
bumphunter.Rcheck/tests_i386/test-all.Rout
R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library('testthat')
> test_check('bumphunter')
Loading required package: bumphunter
Loading required package: S4Vectors
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind,
rowMeans, rowSums, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Loading required package: IRanges
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: foreach
Loading required package: iterators
Loading required package: locfit
locfit 1.5-9.1 2013-03-22
trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gtf.gz'
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Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
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Type 'q()' to quit R.
> library('testthat')
> test_check('bumphunter')
Loading required package: bumphunter
Loading required package: S4Vectors
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
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union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Loading required package: IRanges
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: foreach
Loading required package: iterators
Loading required package: locfit
locfit 1.5-9.1 2013-03-22
trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gtf.gz'
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