Zheng Wei
| Snapshot Date: 2019-04-15 17:01:12 -0400 (Mon, 15 Apr 2019) |
| URL: https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2 |
| Branch: RELEASE_3_8 |
| Last Commit: e09f6d4 |
| Last Changed Date: 2018-10-30 11:42:06 -0400 (Tue, 30 Oct 2018) |
| Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.8 |
|
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| Package 1258/1649 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
| Rbowtie2 1.4.0 Zheng Wei
| malbec1 | Linux (Ubuntu 16.04.6 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | | ||||||
| merida1 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | [ OK ] | |
| Package: Rbowtie2 |
| Version: 1.4.0 |
| Command: rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.4.0.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir |
| StartedAt: 2019-04-16 04:36:26 -0400 (Tue, 16 Apr 2019) |
| EndedAt: 2019-04-16 04:38:17 -0400 (Tue, 16 Apr 2019) |
| EllapsedTime: 111.6 seconds |
| RetCode: 0 |
| Status: OK |
| PackageFile: Rbowtie2_1.4.0.tgz |
| PackageFileSize: 1.403 MiB |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.4.0.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir ### ############################################################################## ############################################################################## >>>>>>> >>>>>>> INSTALLATION WITH 'R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --library=Rbowtie2.buildbin-libdir Rbowtie2_1.4.0.tar.gz' >>>>>>> * installing *source* package ‘Rbowtie2’ ... (cd adapterremoval && (make clean -f Makefile)) rm -f AdapterRemoval rm -f ../../inst/AdapterRemoval rm -f *.o (cd bowtie2 && (make clean -f Makefile)) rm -f ../../inst/bowtie2-align-s rm -f ../../inst/bowtie2-build-s rm -f bowtie2-align-s rm -f bowtie2-build-s rm -f *.o rm -f *.so rm -f *.o ** libs ** arch - mkdir -p ../inst (cd adapterremoval && (make CXX="g++ -std=gnu++11" -f Makefile)) g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c adapterset.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c alignment.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c argparse.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c debug.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_enc.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_io.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader_joined.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c 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-funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o bt2_build.o bt2_build.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing -DBOWTIE2_VERSION="\"2.3.2\"" -DBUILD_HOST="\"Rbowtie2\"" -DBUILD_TIME="\"2017\"" -DCOMPILER_VERSION="\"C++11\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE -DBOWTIE_MM -DBOWTIE2 -DNDEBUG -I third_party -pthread -c -o ccnt_lut.o ccnt_lut.cpp g++ -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -Wall -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY\"" -DPOPCNT_CAPABILITY -fno-strict-aliasing 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** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (Rbowtie2) >>>>>>> >>>>>>> FIXING LINKS FOR Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so >>>>>>> install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libgcc_s.1.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgfortran.3.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libgfortran.3.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.5.2.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libreadline.5.2.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libreadline.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libquadmath.0.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libquadmath.0.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so"